Aunuksen alueella tiedetään olleen asutusta jo 3000 vuotta sitten ja ensimmäiset kirjalliset maininnat löytyvät vuodelta 1137. Aunuksen kaupunki perustettiin Venäjän rajalinnoitukseksi 1649 Olongajoen ja Mägräjoen yhtymäkohtaan lähelle Laatokan rantaa. Alueella asui tuolloin enimmäkseen talonpoikia, jotka harrastivat kaupankäyntiä ja nostivat soiden pohjasta rautamalmia.
Suuri Pohjan sota ja Pietarin kaupungin rakentaminen vaikuttivat aluksi myönteisesti Aunuksen alueen taloudelliseen kehitykseen. Sodan päätyttyä läänin hallinnollinen keskus siirtyi Petroskoihin ja metalliteollisuus keskittyi sinne. Aunuksen merkitys laski vähitellen ja alueen tärkeimmäksi elinkeinoksi muodostui maanviljely ja karjankasvatus.
Itä-Suomesta muutti 1800-luvulla Aunuksen Karjalaan runsaasti tilatonta väestöä ja 1800-luvun lopussa siellä asui jo noin 3000 suomalaista. Vähitellen suomalaiset omaksuivat paikallisen kulttuurin ja useat kääntyivät myös ortodoksiseen uskoon vaikka jo 1850-luvulta lähtien Aunuksessa oli järjestetty luterilaisia kirkonmenoja. Vuodesta 1992 Aunuksessa on toiminut myös luterilainen seurakunta.
Vielä 1900-luvun alussa 95 % kaupungin asukkaista oli karjalaisia, joiden kieli, Aunuksen karjala eli livvi, poikkeaa huomattavasti Vienan Karjalan kielestä. Nykyisin Aunuksessa on noin 11000 asukasta, joista 60 % on karjalaisia ja 10 % suomenkielisiä.
Jatkosodan hyökkäysvaiheessa suomalaisjoukot saapuivat Itä-Karjalaan alkusyksyllä 1941. Asemasodan aikana Itä-Karjalaan pystytettiin sotilashallinto ja väestöä pyrittiin suomalaistamaan tehokkaasti. Aunuksen asukkaat eivät kuitenkaan loppujen lopuksi halunneet liittyä Suomeen ja suurin osa oli tyytyväisiä kun suomalaiset joutuivat lähtemään Aunuksesta kesäkuussa 1944.
Nykyisen Aunuksen keskusta muistuttaa neuvostoliittolaista kerrostalolähiötä mutta kauas ei tarvitse mennä kun vanhat, harmaat karjalaistalot näkyvät nauhana pitkin jokivarsia joka suuntaan ja suomalaisten taiteilijoiden ja tutkijoiden kuvaama aunukselainen maisema avautuu katsojalle. Elämä taloissa ja kylänraitilla on säilyttänyt hyvin pitkälle entiset tapansa.
Suurin osa Karjalan kirkoista suljettiin neuvostovallan aikana ja otettiin muuhun käyttöön. Esimerkiksi Karjalan suojelupyhimyksen Aleksanteri Syväriläisen nimikkoluostari, joka sijaitsee parikymmentä kilometriä Aunuksesta etelään, toimi neuvostovallan aikana mielisairaalana ja rapistui pahasti. Vaikka mielisairaala toimii edelleen alueella, on luostari taas jo toiminnassa ja rakennuksia korjattu.
Lintujen muuttoreitti kulkee Aunuksen kautta. Aunuksen lakeudet ovat Euroopan suurimpia lintujen lepo- ja ruokailupaikkoja. Ainutlaatuisen elämyksen voi kokea esimerkiksi keväisin, jolloin hanhien muutto on nähtävyys. Silloin voi nähdä kerralla jopa 3500 lintua. Aunuksen alueesta onkin tullut suosittu kohde niin lintupongareille kuin metsästäjllekin.
